Õppeaine 'Geneetika ja molekulaardiagnostika 2'

Aasta:   2015/2016    2016/2017    2017/2018    2018/2019    2019/2020    

Üliõpilane:
1. saab aru päriliku info kandjate (DNA/RNA) olemusest ja selle info realiseerumisest valguna;
2. teab erinevate patogeenide geneetilisest olemusest ja nende molekulaardiagnostikast (sihtmärgid, nende testimise viisid jne)
3. teab levinumaid geneetilisi haigusi, ja tavapäraseid molekulaardiagnostika viise
4. oskab etteantud tööprotokolli alusel/juhendamisel viia läbi PCR reaktsiooni ja lasta geelelektroforeesi (töö ensüümidega, pipeteerimine väikestes mahtudes, geeli valamine, elektroforeesi läbiviimine, tulemuste analüüs
5. oskab iseseisvalt lahendada molekulaardiagnostikas ette tulevaid probleeme (ensüümide-kemikaalide testimine, positiivne- negatiivne kontroll)

LOENGUD
1. Geneetilise koodi teke ja evolutsioon
2. Mitokondriaalsed haigused ja nende diagnostika
3. Kasvajate geneetika ja diagnostika
4. Viirused, süstemaatika, geeneetika funktsioneerimine
5. Patogeensed viirused ja nende molekulaarne diagnostika A hepatiidi ja ebola viiruse näitel
6. Patogeensete bakterite diagnostika/detekteerimine C. difficile ja B. anthracis´e näitel
7. Patogeensed seened, nende diagnostika erinevad meetodid
8. DNA mutatsioonid, reparatsiooni mehhanismid

PRAKTIKUM
1. Genoomse DNA eraldamine verest Invitek InviMag kit´i abil
2. Laktoosi intolerantsuse test PCR
3. Laktoosi intolerantsuse test restriktsioon analüüs
4. Genoomse DNA eraldamine roojaproovist Invitek PSP® Spin Stool DNA Kit´i abil
5. Inimese DNA polümorfismi analüüs PCR reaktsioon
6. Inimese DNA polümorfismi analüüs PCR produktide analüüs PAGE (akrüülamiidgeelis)
7. Inimese DNA polümorfismi analüüs, DNA „mustri” analüüs ja võrdlemine tarkvaraliselt
8. Bioinformaatika, DNA järjestuste reastamine („multiple alignment”)
9. Bioinformaatika, reastatud DNA andmete järgi oligote disainimine konserveerunud piirkondadesse
10. Kromosoomipreparaadid inimese verest, preparaadi valmistamine ja vaatlemine ning analüüs mikroskoobis
11. 16S rDNA järgi identifitseeritava bakteri isoleerimine
12. 16S rDNA PCR
13. 16S rDNA sekveneerimine
14. 16S rDNA järjestuse abil bakteri liigi tuvastamine (võrdlus geenipanga järjestustega)

Mitteeristav hindamine

Jorde et al. 2006. Medical Genetics
Lynn, B. 2003. Medical Genetics
Mülhardt C. 2007. Molecular Biology and Genomics.

2009: BA  BA-TLN